高校生の金田一一は、なぜか、行く先々で殺人事件に巻き込まれてしまう。だが、幼馴染の七瀬美雪などの友人や、自身に危険が及ぶ事への対処として、また持ち前の正義感から、事件を名探偵と呼ばれた祖父譲りの推理力で解決していく。その過程で、剣持勇警部、明智健悟警視など、警察関係者とも出会い、事件を解決する事で信頼関係を築く。 身近な人間が犯人として逮捕されたり、殺害されたりと、苦い思いも繰り返すが、一度事件が起これば、再び事件解決に全力を注いでいく。地獄の傀儡師高遠遙一登場後、殺人鬼である彼を宿敵と見定め、果てしない対決に身を乗り出した。