地球上の人類が一斉に石化してから、およそ3700年後。石化を破り目覚めた石神千空と大木大樹は、科学の力で文明を復興させる事を誓う。千空達は石化を解く復活液を開発し、大樹の思い人･小川杠の石化を解除する事に成功するが、猛獣に襲われた際に止むを得ず石化を解いた獅子王司と思想の違いから対立する事になってしまう。司は杠を人質に復活液のレシピを聞き出すと、殺意を持って千空を攻撃し、頸神経を砕く。千空を連れて逃げた大樹達は千空の首に石化の解けていない箇所を発見すると、石化が解ける際に肉体の細かな破損が修復されるという現象に一縷の望みを賭け、復活液を使用する。