2018年6月の宮城県仙台市から物語は始まる。常人離れした身体能力を持つ高校生・虎杖悠仁は、両親の顔を知らず、祖父に育てられた。祖父が逝去した夜、虎杖の学校に眠る「呪物」の封印が解かれ、人を襲う化物・呪霊が現れてしまう。虎杖は「呪物」回収のために現れた呪術師の伏黒恵と共に、取り残された先輩を救うため校舎へ乗り込む。しかし、そこで窮地に追い込まれてしまい、虎杖は力を得るため自ら呪物「宿儺の指」を食べ、特級呪物・両面宿儺が復活する。その後虎杖は「宿儺の器」として呪術師に捕らえられ、死刑を宣告される。しかし五条の提案により、「すべての宿儺の指を食してから死ぬ」という猶予が与えられる。かくして虎杖は都立呪術高専に入学し、呪術師としての人生をスタートさせる。