桃園奈々生はギャンブル好きの父親が借金を残したまま蒸発し、取り立て人に家を追い出され、途方に暮れていた。そんなとき、犬に追われている優男ミカゲを助けたことをきっかけに、互いに打ち解ける。ミカゲは「家を譲る」と言い残して立ち去り、奈々生は半信半疑のまま教えられた場所に行くと、そこは廃れた神社が存在し、神使の巴衛、鬼火童子の鬼切・虎徹が住んでいた。ミカゲは神社の土地神であり、奈々生は神社を家として与えられたと共に、ミカゲが20年以上放棄していた土地神の責務も譲渡されたのであった。こうして神使達との共同生活を始めて、当初は冷たい態度を示す巴衛と反発しあっていた菜々生であったが、彼の忠誠心や性格を知るうちに恋をするようになっていく。一方で、奈々生は巴衛に助けられながら任務をこなし、様々な神との出会や困難に立ち向かい、神様として成長していく。